Υλη Μαθήματος

Η ύλη του μαθήματος είναι όλες οι σημειώσεις και χωρίζεται σε τρία επιμέρους μέρη:

Α μέρος
Κεφάλαιο 1ο: Εισαγωγή στη χρήση αλγορίθμων για αποτελεσματική διαχείριση και αποθήκευση συμβολοσειρών (strings) και ακολoυθιών (sequences) βιολογικών δεδομένων.
Κεφάλαιο 2ο: Αλγόριθμοι ακριβούς ταιριάσματος προτύπου (Boyer-Moore, Knuth-Morris-Pratt, Karb-Rabin, Πολλαπλών προτύπων).
Κεφάλαιο 3ο: Εισαγωγή στο δέντρο επιθεμάτων (suffix tree) και στις εφαρμογές του.
Κεφάλαιο 4ο: Αλγόριθμοι προσεγγιστικού ταιριάσματος προτύπου και στοίχισης συμβολοσειρών/ ακολουθιών (Sequence Alignment).
Κεφάλαιο 5Ο: Αλγόριθμοι εύρεσης σε Βάσεις Δεδομένων ακολουθιών (FASTA, BLAST, PROSITE)

Β μέρος
Κεφάλαιο 1ο: Η Θεωρητική Βάση του Μοριακού Σχεδιασμού
Κεφάλαιο 2ο: Μοραικά Μοντέλα και Βιοχημική Πληροφορία
Κεφάλαιο 3ο: Η Βασιζόμενη στη δομή Σχεδίαση Φαρμάκων
Κεφάλαιο 4ο: Ανοικτά Προβλήματα

Γ μέρος
* Τεχνικές κατηγοριοποίησης βιολογικών δεδομένων (Clustering Techniques) με σκοπό την πρόβλεψη της συμπεριφοράς βιολογικών μορίων.

Συναφές εκπαιδευτικό υλικό υπάρχει στο βιβλίο της Σ. Κοσσίδα, Βιοπληροφορική Δυνατότητες και Προοπτική,κεφ. 1-6, 11, 14, και στο βιβλίο Neil C. Jones, Pavel A. Pevzner, Εισαγωγή στους Αλγορίθμους Βιοπληροφορικής, κεφ. 1-10.